Þrjár deildir eru starfandi innan VR, á Austurlandi, Suðurlandi og í Vestmannaeyjum. Hlutverk deildar er meðal annars að vinna að sameiginlegum hagsmunum starfsmanna í starfsgreinum / atvinnugreinum / landssvæðum, stuðla að fræðslu þeirra og fjalla um kjaramál (sjá 15. gr. laga VR).
Saga verslunarmannafélaga Austurlands, Suðurlands og Vestmannaeyja
Saga Verslunarmannafélags Austurlands
Verslunarmannafélag Reyðarfjarðar- og Egilsstaðakauptúns var stofnað 5. maí 1960. Björn Eysteinsson var fyrsti formaður félagsins. Snemma á áttunda áratug síðustu aldar fór fólk í öðrum þéttbýliskjörnum á Austurlandi að ganga í félagið og var nafni þess breytt í Verslunarmannafélag Austurlands árið 1972. Ári síðar var félagssvæðið stækkað og náði yfir Múlasýslurnar báðar. Undir lok árs 1982 opnaði félagið skrifstofu og jókst þjónusta við félagsmenn til muna við það.
Í maí árið 2008 var tillaga um sameiningu við VR samþykkt á aðalfundi félagsins og í kjölfarið var stofnuð sérstök deild VR á Austurlandi. Formaður deildarinnar var kosin Kristín M. Björnsdóttir sem gegndi formennsku í Verslunarmannafélagi Austurlands frá árinu 1999 til ársins 2008.
Saga Verslunarmannafélags Suðurlands
Verslunarmannafélag Suðurlands var stofnað 15. maí 2000 að Hlíðarenda Hvolsvelli upp úr félögunum Verslunarmannafélagi Rangárvallasýslu og Verslunarmannafélagi Árnessýslu sem bæði höfðu starfað um nokkra áratugi. Forustumenn félaganna komust að samkomulagi um að sameina þau í eitt félag.
Á aukaaðalfundi Verslunarmannafélags Suðurlands (VMS) þriðjudaginn 15. nóvember 2016 var samþykkt sú tillaga stjórnar VMS að félagið myndi ganga til sameiningarviðræðna við VR.
Deild VR á Suðurlandi var svo formlega stofnuð á stofnfundi deildarinnar 2. maí 2017. Fyrsti formaður deildar VR á Suðurlandi er Gils Einarsson. Kolbrún Júlía Erlendsdóttir var kjörin formaður deildarinnar árið 2023.
Saga Verzlunarmannafélags Vestmannaeyja
Verzlunarmannafélag Vestmannaeyja var stofnað 22. júní 1944. Félagið gekk í Alþýðusamband Íslands í október sama ár. Síðasti fundur félagsins var haldinn árið 1950 og var félagið svo lagt niður. þann 1. júní 1962 var Verslunarmannafélag Vestmannaeyja svo endurreist fyrir tilstuðlan Landssambands íslenzkra verzlunarmanna og var fyrsti formaður þess Stefán Björnsson.
Á árunum 1973-74, þegar Vestmannaeyjagosið var, kom afturkippur í starf félagsins en það komst aftur á skrið ári síðar. Árið 1993 opnaði félagið skrifstofu og efldist starfsemin við það.
Í október 2007 var tillaga um sameiningu við VR samþykkt á aðalfundi Verslunarmannafélags Vestmannaeyja og var jafnframt samþykkt að stofna sérstaka deild VR í Vestmannaeyjum. Fyrsti formaður deildarinnar var Guðrún Erlingsdóttir sem áður var formaður Verslunarmannafélags Vestmannaeyja. Formaður deildar VR í Vestmannaeyjum er Þórhildur Ragna Karlsdóttir.
Upplýsingar fengnar úr bókinni Með oddi og egg, stéttarfélög á Íslandi eftir Ingólf Ingvarsson og Samúel Inga Þórisson.